北門區位於東經120度0分42秒、北緯23度6分36秒 北門區東西長8.4公里,南北寬度12公里,面積44.1003平方公里,略呈不規則之長方形。 北門區位於台南市最西北之沿海區,係昔日「台江內海」淤淺泥積而成之沿海鄉鎮。行政區東連學甲區,西臨台灣海峽,南以將軍溪與將軍區為鄰,北挾八掌溪與嘉義縣義竹鄉、布袋鎮相接,急水溪則曲折橫貫本鄉出台灣海峽。
水文
北門區境主要河川有八掌溪、急水溪、將軍溪等,由測站所得之數據中的四項水質參數(溶氧、生化需氧量、懸浮固體物、氨氮)計算其河川污染指標(PRI),以瞭解各河川之污染程度,歷年(七十六年至八十五年)之水質監測資料分析結果,八掌溪多為中度污染,民國八十二年至八十五年污染程度有改善,但河川水質仍有待提升,而急水溪多為中度污染或嚴重污染程度,河川水質有待加強
氣象
本基地屬亞熱帶氣候,氣溫高、溼度大、氣候溫和,適合居住與戶外活動。
動植物資源
北門區紅樹林沼澤區的基礎生產量很高,但因環境惡劣、潮汐、乾溼、鹽度變化大,因此,消費者很難在此不穩定生態環境中存留,故「種少量多」是本區生態一大特色。
1.螃蟹種類約有14種,其中以招潮蟹為大宗,蟳具有高經濟價值。
2.北門區紅樹林沼澤中常見的貝類約8種之多,文蛤具高經濟價值,牡蠣為重要養殖貝類。
3.沼澤生態常見的魚類以大彈塗魚為主。
4.鳥類約121種之多,以候鳥為大宗,主要有高蹺行鳥、大杓鷸、黑尾鷸、秧雞等,主要範圍包括紅樹林沼澤和鄰近鹽田、魚塭等。