昔日的北門區係倒風內海急水溪口外的沙洲島,一九二０年以前此地一直被稱為：「北門嶼」。《台南縣誌》自然誌的圖表中,我們很清晰的查覺到,「北門嶼」這個沙洲島,從清康熙時期的台南縣輿圖到乾隆時期的輿圖,一直是扼守在漚汪溪口的島嶼。但清道光時期的輿圖,「北門嶼」就不在漚汪溪口,已與陸地相連了,推測其變遷,當在乾隆末年到嘉初年之間。
至於「北門嶼」之名的來源,有二種說法:一說位居台灣府北方而得名;一說它與青峰闕北方出入口有關。答案如何？就讓歷史學家去考證,但我們知道的是：早期的「北門嶼」是台江各內港北上與笨港、猴樹港、龜仔港、鹽水港、麻豆港、土地公港、鐵線橋港等往來必經的航運孔道;另本地居民亦以小舢舨往來澎湖、台北之間貿易通商,互通有無。
道光年間「北門嶼」陸連後,就積極建設鹽田,據《台灣鹽專賣誌》云:「瀨東場於乾隆二十一年開設,不久埋沒,於乾隆末年或嘉慶初期,經卜台南州北門郡七股庄竹子港為代地,場名仍舊,未幾復毀於水,至嘉慶二十三年,再遷台南州北門郡井仔腳開闢鹽田遷徙晒民,仍稱瀨東舊名。」
民前十七年(一八九五年),日人領台後,廢止鹽專賣,對鹽業不加管理,鹽田日漸荒蕪。迨至民前十三年,日人重行鹽專賣時,北門鄉的鹽場始再興盛,計有:王爺港田鹽田、蚵寮鹽田、井仔腳鹽田(舊稱瀨東場)及北門鹽田。 日據初,期北門鄉為台南縣唯一的漁港,海航發達,漁、曬鹽一時稱盛。
日人曾在此設「北門嶼支廳」,後因港口逐漸淤塞,港口功能消失,成為單純的鹽村。道光年間「北門嶼」陸連後,有一大段時間是隸屬學甲堡,日據時代才脫離獨立為「北門庄」,光復後改庄為鄉,與將軍鄉、七股鄉為原台南縣濱海三鄉、並為魚鹽之區。現則因應台南縣、市合併改為北門區。